vermutlich kommen noch professionellere Antworten, aber spontan fällt mir RejectCollect(id idObject, object pObject) ein, was du im Clonkskript findest. 

Damit kannst du sagen, was der Clonk aufnehmen darf und was nicht.  Wenn der KI Clonk eine eigene ID hat, kannst du das direkt in sein skript schreiben. Wenn es ein CLNK ist, kannst du ihn ja irgendwie noch markieren, als AI und dann in die oben erwähnte Funktion "RejectCollect(id idObject, object pObject) {if(IsAi) return();   .....} "  reinschreiben.

Auf diese Weise könntest also dafür sorgen, dass der Clonk garnichts mehr aufnimmt.  Oder du kannst einzelne IDs festlegen, die nicht aufgenommen werden dürfen.. Und wenn du die gerade abgelegten Objekte iwie zwischenspeicherst, kannst du bestimmt auch diese mithilfe der Funktion vom Einsammeln ausschließen.

Zur manuellen Vorgehensweise:
-"wie es ein echter Spieler durch Gedrückthalten von Doppelrunter kann"
das bezieht sich auf diese neue Jump&Run Steuerung, oder? Mit der klassischen Steuerung ist es soweit ich weiß so, dass man nach dem ablegen eines Objektes automatisch nichts mehr aufnimmt, bis man 2 Tasten gedrückt hat. D.h. wenn man nach dem ablegen dann einmal in eine Richtung drückt, wird nichts mehr eingesammelt. Erst wenn man dann nochmal eine Taste drückt, sammelt er wieder.   
Je nach dem, wieviele Befehle deine KI nach dem ablegen bekommt, kannst du das entweder nutzen, oder gucken ob du rausfindest, wie das funktioniert ^^